Spesso può essere difficile scoprire in anticipo per alcuni paesi se richiedono o meno una validità di sei mesi, quindi l'opzione più sicura è sempre quella di assicurarsi che il passaporto sia rinnovato ben prima di quel periodo di sei mesi.
Per fortuna, però, per il Giappone, c'è una risposta abbastanza autorevole su questo:
_Alcuni paesi asiatici richiedono 6 mesi di validità del passaporto per poter entrare. Si applica al Giappone? _ Il passaporto deve rimanere valido durante il periodo del soggiorno, ma non è richiesto un periodo minimo di validità.
(dalla pagina delle FAQ del Consolato Generale del Giappone, Melbourne )
Si noti che questo vale per l'ingresso, non necessariamente per una richiesta di visto (come indicato da @TheWanderingCoder nei commenti). Se avete bisogno di un visto, è probabile che a questo si applichi ancora una validità di sei mesi (ad es. visto per studenti pre-universitari, visto per studenti universitari, visto per vacanze-lavoro, visto per lavoro, ecc.)